Giống như những loài thủy sản khác, ba ba có tính ăn mồi thiên về động vật. Thức ăn dư thừa, phân thải, sự hoạt động liên tục của ba ba trong môi trường nuôi, góp phần đáng kể làm môi trường nuôi ba ba rất mau ô nhiễm. Khi môi trường ô nhiễm, là điều kiện thuận lợi để dịch bệnh phát sinh, gây hại cho ba ba nuôi. Khi phát hiện ba ba tách đàn, nằm suốt trên cạn không xuống nước, có hiện tượng giảm hoặc bỏ ăn. Khi bơi lội rất khó khăn, thân thường nghiêng về một bên. Trên thân xuất hiện nhiều vết lở loét, ghẻ, những đốm trắng hoặc đỏ. Ba ba trở nên gầy ốm và sụt kí…Tất cả những dấu hiệu trên, là những biểu hiện ba ba đã bị bệnh. Con đường gây bệnh cho ba ba có thể là do thức ăn, do môi trường nuôi, do ba ba trong bầy cắn nhau, và do mầm bệnh xâm nhập từ bên ngoài vào. Thông thường thức ăn cho ba ba có chứa hàm lượng đạm khá cao. Trong quá trình nuôi, thành phần thức ăn hàm lượng đạm thấp, thiếu hoặc dư một số chất như canxi, phospho, các vitamine A, C, E…Việc thiếu những chất trên, làm cho mai ba ba thường bị mềm, rất chậm lớn, mắt hay sưng, khó khăn trong việc sinh sản…Về môi trường, do vị trí ao không phù hợp, quá nắng, hoặc quá cớm rợp, nguồn nước không đạt yêu cầu, ô nhiễm, khó khăn trong việc thay nước. Thời tiết thay đổi thất thường, thức ăn quá nhiều, dư thừa, gây ô nhiễm môi trường. Mặt khác ba ba là loại động vật hung dữ, hay tấn công lẫn nhau giữa những con trong bầy. Giữa con lớn và con nhỏ, giữa những con đực khi tranh giành lãnh địa, tranh con cái, khi ăn mồi…gây ra các vết thương rất trầm trọng. Khi môi trường ô nhiễm, cùng với các vết thương xuất hiện trên cơ thể, là thời điểm dịch bệnh tấn công và gây ra những hậu quả nặng nề nhất. Thường gặp một số bệnh như bệnh đốm trắng: trên thân nổi những mụn trắng. Ba ba 1-2 tháng tuổi rất dễ mắc bệnh này. Hoặc bệnh nấm thủy mi, trên cơ thể tại các vết thương, xuất hiện những sợi nấm màu trắng như bông gòn, nên có nơi bà con mình gọi là bệnh bông gòn.. Bệnh loét da, các vùng trên cơ thể như da chân, cổ, nách, bẹn…ngay miệng các vết loét thường xuất huyết, ba ba bệnh thường có da màu tối, mắt xuất huyết đỏ, móng chân bị cụt. Với 3 loại bệnh trên, bà con dùng các loại kháng sinh như Tetracycline, Ampicilin lượng 2-4g/mét khối nước trong 1-2h, kết hợp với việc tắm, bôi bằng Povidin, xanh methylen. Những con nặng nên tách ly và chữa trị liên tục trong vài ngày. Ngoài ra, nên kết hợp phun trực tiếp xanh methylen xuống ao nuôi, liều lượng 1-2g/mét khối nước. Riêng bệnh sưng cổ thường có biểu hiện cổ bị sưng đỏ, bụng có mụn đỏ, mắt trắng đục hoặc sưng đỏ dẫn đến bị mù. Trường hợp bệnh này, ngoài việc dùng các loại thuốc kể trên, nên dùng thêm Sunfamid trộn vào thức ăn với liều lượng 0,2g/kg thức ăn, cho ăn liên tục trong 3 ngày. Để các mô hình nuôi ba ba thực sự ổn định, hạn chế tối đa dịch bệnh bùng phát, trong quá trình triển khai nuôi, chúng ta nên chủ động phòng bệnh, hơn là thụ động dùng thuốc khi dịch bệnh sảy ra. Việc dùng thuốc đúng thời điểm, đúng bệnh, đúng thuốc có thể chữa trị khỏi bệnh, nhưng ít nhiều có những tác động tiêu cực là ảnh hưởng đến quá trình sinh trưởng, sinh trưởng rất chậm. Chưa kể, việc dùng thuốc liên tục, sẽ gây nên hiện tượng lờn thuốc, khi gặp lại loại bệnh đó, phải sử dụng liều cao hơn mới kết quả. Khi nuôi bà con nên nuôi mật độ phù hợp với điều kiện môi trường, điều kiện chăm sóc, khả năng nắm bắt kỹ thuật. Nên sử dụng thức ăn tươi mới, tránh dùng các loại thức ăn ôi, thiêu, ươn, thối, đặc biệt là các loại thức ăn dùng các loại hóa chất, thuốc như urea, formol...ướp cho tươi. Chăm sóc, quản lý môi trường, thay nước theo hướng chủ động.