Toàn vùng có 65 nhà máy chế biến thủy sản xuất khẩu, tổng công suất chế biến 3.000 tấn/ngày. Các doanh nghiệp tiếp tục đầu tư xây dựng nhà máy, nhưng sự phối hợp rất lỏng lẻo. Trong khi nhiều dự đoán giá cá nguyên liệu sẽ tiếp tục tăng hoặc đứng ở mức cao, có lợi cho người nuôi thì các nhà máy không lạc quan với giá cá như hiện nay. Tại An Giang, nơi có tổng sản lượng cá tra, ba sa nuôi cao nhất trong vùng (khoảng 180.000 tấn), kim ngạch xuất khẩu thủy sản năm rồi đạt 245 triệu USD, nhưng cũng rơi vào tình trạng mạnh ai nấy làm. Các doanh nghiệp tại tỉnh này đã xây dựng 12 nhà máy chế biến thủy sản, tổng công suất chế biến 900 tấn cá nguyên liệu/ngày nhưng doanh nghiệp nào cũng phải chạy mua nguyên liệu từ Đồng Tháp, Cần Thơ... không dưới 100.000 tấn/năm. Năm 2007, sản lượng cá của An Giang sẽ lên tới 240.000 tấn hoặc cao hơn nữa, khi nhiều người vô đồng thuê đất nuôi cá. Nhưng nếu ai ai cũng đổ xô thuê đất nuôi cá mà không có một đầu mối thống nhất, hoặc một sự liên kết cung - cầu chặt chẽ thì tình trạng lúc thiếu lúc thừa nguyên liệu ở các nhà máy vẫn sẽ tiếp diễn. Thực trạng này tồn tại đã lâu, nhưng đến nay vẫn chưa tìm ra phương cách khắc phục.