Năm 2013 - 2014,Hội Nông dân Thành phố được Sở Khoa học và Công nghệ cấp kinh phí thực hiện Đề tài khoa học “Giải pháp phát huy vai trò của Hội Nông dân trong việc bảo hộ nhãn hiệu nông sản trên địa bàn Hà Nội”; xây dựng Chương trình 05-CTr/HND ngày 04/4/2014 của Ban Chấp hành Hội Nông dân Thành phố khóa VI về “Nâng cao chất lượng xây dựng thương hiệu và giới thiệu, tiêu thụ sản phẩm cho nông dân giai đoạn 2014-2018”.Qua đó, đã hướng dẫn, phổ biến nội dung, tiêu chuẩn về bảo hộ quyền sở hữu công nghiệp đối với các sản phẩm nông nghiệp. Đến nay đã có các sản phẩm đang được bảo hộ nhãn hiệu tập thể: rau hữu cơ Sóc Sơn (do HND huyện Sóc Sơn là chủ sở hữu nhãn hiệu), bưởi tôm vàng Đan Phượng (do HND xã Thượng Mỗ là chủ sở hữu nhãn hiệu), mây tre đan Phú Nghĩa (do HND xã Phú Nghĩa là chủ sở hữu nhãn hiệu), thuốc nam, bắc Ninh Hiệp (do HND xã Ninh Hiệp là chủ sở hữu nhãn hiệu), bánh tẻ Phú Nhi (do HND phường Phú Nhi là chủ sở hữu nhãn hiệu), chè Bắc Sơn (do HND huyện Sóc Sơn là chủ sở hữu nhãn hiệu).

Phối hợp với Sở Khoa học và Công nghệ Thành phố ký Chương trình số 13/CTrPH-HND-SKHCN ngày 08/04/2016, Chương trình phối hợp hoạt động giữa Hội Nông dân thành phố Hà Nội và Sở khoa học và Công nghệ Hà Nội giai đoạn 2016 - 2020. Phối hợp với Tổng công ty thương mại Hà Nội (Hapro), Uỷ ban nhân dân các quận, huyện tổ chức hội nghị xúc tiến thương mại giới thiệu, quảng bá, tiêu thụ các sản phẩm nông nghiệp. Tham gia Hội chợ giới thiệu sản phẩm nông nghiệp, tiểu thủ công nghiệp các làng nghề truyền thống tại Hội chợ quốc tế AGRO Việt. Các  huyện, quận như: Gia Lâm, Sóc Sơn, Thanh Trì, Quốc Oai, Chương Mỹ, Hoài Đức, Long Biên, Hoàng Mai... tổ chức Hội hoa cây cảnh, Hội chợ rau an toàn. Ký kết chương trình phối hợp với 15 tỉnh, thành phố nhằm tuyên truyền, quảng bá giới thiệu sản phẩm cho nông dân khu vực đồng bằng sông hồng trung du miền núi phía Bắc. Tổ chức đoàn doanh nghiệp đi khảo sát, giới thiệu sản phẩm nông nghiệp và thủ công mỹ nghệ tại thị trường Nga.