Nguyên nhân chính làm cho năng suất lúa giảm là do bị ảnh hưởng của dịch rầy nâu, bệnh vàng lùn, lùn xoắn lá (VL, LXL), bệnh đạo ôn tập trung ở các địa phương, như các huyện Phụng Hiệp, Vị Thuỷ, Châu Thành A, thị xã Ngã Bảy. Theo dự báo của ngành nông nghiệp tỉnh, do năng suất lúa bình quân giảm và cả diện tích gieo cấy lúa cũng giảm, nên sản lượng cả vụ đông xuân năm nay dự kiến sẽ đạt khoảng 450.000 tấn, giảm khoảng 70.000 tấn so với năm trước. Năng suất lúa đông xuân không cao, nhưng chi phí sản xuất lúa lại cao hơn các năm trước, do nông dân phải đầu tư nhiều trong việc mua giống, thuốc bảo vệ thực vật để diệt rầy và các loại sâu bệnh khác.

Niềm vui lớn nhất của nông dân trong vụ này là lúa bán được giá cao ngay thời điểm thu hoạch (từ 2.800 đồng đến 3.600 đồng /kg ), nên nhiều nông dân đạt lợi nhuận khá (trên dưới 10 triệu đồng /ha). Hiện nay, nông dân đang khẩn trương thu hoạch rộ lúa vụ đông xuân. Khó khăn lớn nhất hiện nay là tình trạng khan hiếm nhân công thu hoạch lúa và giá nhân công thu hoạch lúa đang tăng mạnh. Dự kiến toàn bộ diện tích lúa của tỉnh sẽ được thu hoạch dứt điểm trong cuối tháng 3/2007.