Tuy nhiên, do không được đầu tư đúng mức, sản xuất ồ ạt, mang tính tự phát, chất lượng con giống (CLCG) chưa được kiểm dịch... nên công tác quản lý CLCG ở Khánh Hòa gặp không ít khó khăn. Thực tế cho thấy, một phần tôm giống đang được nuôi trong tỉnh chưa đảm bảo chất lượng. Đa số người nuôi trồng thủy sản đều băn khoăn về CLCG, bởi đây là một trong những yếu tố quan trọng hàng đầu quyết định thành, bại của vụ nuôi tôm. Tôm giống kém chất lượng là do nhiều cơ sở sản xuất tôm giống (SXTG) tại địa phương chưa thực hiện đầy đủ quy trình SXTG sạch bệnh. Thêm vào đó, công tác kiểm dịch tôm giống còn nhiều bất cập, chưa chặt chẽ; việc công bố CLCG cũng như khai báo kiểm dịch trước khi xuất bán chưa được các cơ sở sản xuất, đại lý cung cấp tôm giống thực hiện nghiêm túc. Ngoài ra, người nuôi thường có tâm lý ham rẻ, chủ quan, ít đem tôm giống đi kiểm dịch trước khi thả nuôi.

Thực tế, hầu hết nhân viên kỹ thuật trong các trại sản xuất giống không có chứng nhận chuyên môn; các cơ sở sản xuất, kinh doanh giống không đăng ký đảm bảo vệ sinh môi trường, không công bố chất lượng hàng hóa nhưng vẫn vô tư tồn tại. Việc kiểm tra, tập huấn, hướng dẫn, quản lí điều kiện kinh doanh giống chưa được quan tâm đúng mức nên ý thức chấp hành của người dân chưa cao. Mặt khác, các địa phương, ngành chức năng chưa chủ động thực hiện kiểm tra, quản lý. Một số cơ sở kinh doanh kém hiệu quả, gây ảnh hưởng đến môi trường, bán sản phẩm không có nhãn hiệu bao bì, không đảm bảo chất lượng. Ngoài ra, việc xây dựng và thực hiện quy hoạch phát triển trại SXTG còn chậm, chưa được quan tâm, đầu tư đúng mức... Toàn tỉnh hiện có khoảng 40% trại sản xuất giống nằm ngoài quy hoạch. Những trại này gặp nhiều khó khăn về giao thông, điện, nguồn nước, vốn, ảnh hưởng sinh hoạt từ khu dân cư... trong khi cơ quan chuyên môn thì khó khăn trong công tác quản lý do trại giống xây dựng phân tán.

Hiện nay, thị trường tôm giống chưa được bảo hộ nên có tình trạng cạnh tranh thiếu lành mạnh, không ít cơ sở SXTG sạch nhưng vẫn phát triển ì ạch vì đầu ra không ổn định. Theo quan điểm của nhiều người nuôi tôm, họ sẵn sàng chọn mua tôm giống đảm bảo chất lượng với giá cao hơn bình thường; các nhà SXTG chân chính sẵn sàng đầu tư để sản xuất giống sạch với điều kiện giá phải phù hợp để duy trì hoạt động sản xuất, kinh doanh. Tuy nhiên, 2 đối tượng này lại ít có cơ hội gặp nhau bởi người nuôi rất khó xác định đâu là giống sạch, trong khi một số đối tượng sản xuất, kinh doanh giống lại thường dùng chiêu bài "giống sạch" để lừa người nuôi. Số cơ sở làm ăn chân chính, đầu tư lớn để nâng cao chất lượng đã bị lợi dụng nhãn hiệu, bao bì, cạnh tranh giá nên rất khó đứng vững trên thị trường.

Để nâng cao CLCG, ngành Nông nghiệp cần tăng cường quản lý về điều kiện sản xuất, kinh doanh giống thủy sản, yêu cầu khắc phục hoặc xử lý đối với các cơ sở chưa đủ điều kiện, đồng thời hướng dẫn cho chính quyền cơ sở thực hiện kiểm tra, giám sát các cơ sở sản xuất đóng trên địa bàn. Mặt khác, triển khai thành lập thí điểm mô hình tổ hợp tác, chi hội sản xuất, kinh doanh tôm giống. Ngoài việc giúp nhau phát triển sản xuất, các tổ chức này còn tham gia giám sát, ngăn ngừa tình trạng gian lận thương mại trong sản xuất, kinh doanh tôm giống. Bên cạnh đó, tăng cường phối hợp với Viện Nghiên cứu nuôi trồng thủy sản III, Trường Đại học Nha Trang đào tạo cán bộ kỹ thuật cho các trại sản xuất, kinh doanh tôm giống, đồng thời chuyển giao, phổ biến quy trình sản xuất giống sạch cho các trại sản xuất giống địa phương, từng bước nâng cao chất lượng sản xuất giống tại chỗ. Phối hợp chặt chẽ với các ngành, các cấp kiểm tra, xử lý nghiêm những cơ sở SXTG kém chất lượng, chưa được kiểm dịch tại gốc. Đây cũng là tiền đề góp phần xây dựng uy tín, chất lượng, thương hiệu tôm giống để nông dân hạn chế được nguy cơ thiệt hại, rủi ro khi vào mùa nuôi tôm.