Loài hải sâm trắng ở đầm Thuỷ Triều (huyện Cam Lâm), trước năm 1987 có sản lượng hàng năm từ 150- 200 tấn, nhưng hiện nay còn lại rất ít. Các loài hải sâm đen, hải sâm mít, hải sâm dừa, hải sâm vú... là các đối tượng kinh tế quan trọng, có giá trị thương mại cao ở vịnh Nha Trang, hiện cũng nằm trong hoàn cảnh tương tự. Loài cầu gai sọ dừa ở vịnh Nha Trang tập trung nhiều ở Rạn Chắn và Rạn Cạn, đã bị khai thác ồ ạt với sản lượng thành phẩm có năm lên đến hàng chục tấn, đến nay đã cạn kiệt... Vùng biển Khánh Hoà có tổng trữ lượng hải sản khoảng 150.000 tấn, cho phép khai thác ở mức 70.000 tấn/năm. Trên thực tế chỉ, sản lượng khai thác được từ 60.000 tấn- 68.000 tấn/ năm, nhưng các loài hải sản quý hiếm với giá trị kinh tế cao luôn là đối tượng bị săn lùng, đánh bắt triệt để. Khánh Hoà trên 6.360 tàu thuyền đánh bắt hải sản nhưng chỉ có hơn 500 tàu có khả năng tham gia đánh bắt xa bờ, phần còn lại đều có công suất nhỏ, nên tập trung khai thác ven bờ, nhất là trong các đầm, vịnh. Nhiều ngư dân sử dụng các biện pháp khai thác hải sản theo cách huỷ diệt môi trường biển bằng dụng cụ xung điện, chất nổ, chất độc, làm huỷ hoại các rạn san hô, rừng ngập mặn... vốn là nơi cư trú chính của các loại hải sản này. Việc phát triển ồ ạt nghề nuôi trồng thuỷ sản của người dân cùng với việc sử dụng quá nhiều hoá chất trong quá trình nuôi cũng gây hậu quả không nhỏ. Khánh Hoà dự kiến huy động và đầu tư trên 31 tỷ đồng cho chương trình bảo vệ và phát triển bền vững nguồn lợi thuỷ sản địa phương từ nay đến năm 2010. Tỉnh chú trọng bảo vệ, bảo tồn đa dạng sinh học tại các địa điểm: vịnh Nha Trang (thành phố Nha Trang), vịnh Vân Phong, Rạn Trào (huyện Vạn Ninh), đầm Nha Phu (thành phố Nha Trang và huyện Ninh Hoà)...; phục hồi, tái tạo các đối tượng có nguy cơ bị tuyệt chủng; tổ chức lại việc quản lý khai thác nguồn lợi thuỷ sản ven bờ; tuyên truyền, giáo dục nhằm nâng cao ý thức về bảo vệ nguồn lợi cho ngư dân. Việc chấm dứt việc khai thác thuỷ sản mang tính huỷ diệt diễn ra tại nhiều địa phương của ngư dân và chuyển họ sang các ngành nghề phù hợp; việc tăng cường cơ sở vật chất phục vụ công tác tuần tra, kiểm soát, xử lý vi phạm... là hai nội dung cần có nguồn kinh phí khá lớn, lên đến 18,5 tỷ đồng./.