Vài năm gần đây, nhất là khi chương trình phát triển thủy sản được triển khai ở các địa phương trong tỉnh, nhiều giống thủy sản truyền thống có giá trị tiếp tục được hộ gia đình thả nuôi nhưng diện tích mở rộng cũng chỉ đạt khoảng 15%. Một trong những nguyên nhân dẫn đến hạn chế trên là do thiếu nguồn giống. Hiện tỉnh chưa có cơ sở sản xuất các giống cung cấp cho nuôi trồng thuỷ sản, người nuôi trồng phải mua giống từ địa phương khác. Do đó chi phí cho sản xuất tăng cao, người dân chưa mặn mà với việc đầu tư để phát triển nghề nuôi trồng thuỷ sản nước ngọt.

Để khai thác có hiệu quả tiềm năng mặt nước, từ giữa năm 2007 UBND tỉnh Kon Tum đã quyết định đầu tư gần 17,5 tỷ đồng để xây dựng Trung tâm giống thuỷ sản nước ngọt có khả năng sản xuất và cung ứng mỗi năm đạt 116 triệu con cá bột và các loại giống cá khác nhau. Tỉnh Kon Tum cũng xác định Chương trình phát triển nuôi trồng thủy sản nước ngọt là một trong những chương trình kinh tế nông nghiệp quan trọng của tỉnh. Mục tiêu của Chương trình đến năm 2015, đưa diện tích nuôi trồng thuỷ sản của tỉnh đạt xấp xỉ 2.100 ha; sản lượng nuôi trồng và khai thác thuỷ sản đạt 4.500 đến 5.000 tấn, tăng gấp 6 lần so với hiện nay, từng bước chuyển dịch cơ cấu sản xuất, nâng cao hiệu quả kinh tế, khắc phục những hạn chế của việc nuôi trồng nhỏ lẻ, nguồn lực đầu tư cho hạ tầng nuôi thâm canh hạn chế, quy hoạch vùng sản xuất tập trung thiếu, giống mới đưa vào sản xuất còn chậm và với quy mô nhỏ.