Tuy nhiên, sau hai năm triển khai giai đoạn I của dự án, đến nay đã có 1.838/2.710 con dê giống bị chết, có 163/440 hộ có dê chết 100% (949 con) gây tổn thất tiền đầu tư con giống và chuồng trại của Nhà nước lên đến 3.004 triệu đồng. Đó là chưa nói đến số dê giống mà các hộ chăn nuôi tự ý bán (83 con) cũng gây thiệt hại lên đến 250 triệu đồng. Điển hình như ở xã Lộc Bắc, huyện Bảo Lộc tỉ lệ dê giống chết 96,5%; hay ở huyện Đam Rông, số dê giống ban đầu đầu tư là 165 con, nhưng đến nay chỉ còn 12 con, chết 87,88%; huyện Lạc Dương chết 76,82%; Lâm Hà chết 67,3%... tổng dàn dê ban đầu.

Điều đáng nói là ngành chức năng tỉnh Lâm Đồng vẫn chưa tìm ra được nguyên nhân chính xác làm cho đàn dê chết hàng loạt. Theo anh K’Brêm (Đơn Dương), một trong những nông dân dê bị chết 100% cho biết: "Khi tôi nhận dê về chúng vẫn khỏe mạnh bình thường không có biểu hiện bệnh tật, bên cạnh đó các kĩ thuật về chuồng trại, chăn nuôi gia đình tôi đều thực hiện đúng như hướng dẫn của Trung tâm Nông nghiệp huyện, vậy mà sáng ra thấy dê chết sạch".

Theo một số hộ dân cho biết thì những con dê trước khi chết thường có triệu chứng về đường hô hấp, viêm loét dạ dày và chướng hơi đầy bụng. Điều làm cho các hộ nông dân lo nhất hiện nay là nguy cơ lây bệnh từ đàn dê cùng dự án sang cho đàn dê cỏ địa phương rất có thể xảy ra. Ông K’Bia – Phó Chủ tịch Hội Nông dân xã phân trần: "Chưa bao giờ ở Bảo Thuận(Đơn Dương) có tình trạng dê chết như thế. Đàn dê của dự án về, đàn dê cỏ của nông dân cũng đã lây bệnh và bị chết trên 40 con. Hiện tại bà con nông dân đang rất lo lắng không biết có giữ nổi đàn dê không".