Theo Chi cục Bảo vệ Thực vật Nghệ An, cây cà phê thường bị nhiều loại bệnh, nhưng chủ yếu là sâu đục thân (Bore) và bệnh thán thư. Các loại bệnh này làm cho cây cà phê thối rễ, vàng lá, cây khô và chết dần. Cao điểm có năm, diện tích cà phê bị nhiễm bệnh lên đến 917 ha, chiếm 80% diện tích cà phê của tỉnh. Nguyên nhân gây bệnh trên cây cà phê hiện chưa được xác định chính xác, tuy nhiên, theo các hộ trồng cà phê, nguyên nhân có thể là do biến động của thời tiết và chất lượng nguồn giống. Tại những diện tích bị bệnh, cây cà phê bị giảm năng suất thu hoạch từ 40% đến 45%, có nơi không thể thu hoạch và cây bị chết dần.

Tỉnh Nghệ An xác định cà phê là một trong những cây trồng chính. Hiện vùng trồng cà phê được quy hoạch phát triển ở các huyện, như Quỳ Hợp, Nghĩa Đàn, Tân Kỳ là những nơi có điều kiện tự nhiên, khí hậu thích hợp để trồng cà phê. Tuy nhiên, những năm gần đây do cà phê luôn bị bệnh nên diện tích trồng mới hàng năm đang sụt giảm. Riêng năm 2006 và 2007, tỉnh Nghệ An chủ trương không trồng mới thêm cà phê do chưa ngăn chặn được bệnh. Hiện, Chi cục Bảo vệ Thực vật Nghệ An đang được tỉnh giao triển khai đề tài "Nghiên cứu nguyên nhân gây hiện tượng vàng lá, thối rễ trên cây cà phê và một số giải pháp phòng trừ". Ông Lê Văn Thiều, Chi cục trưởng Chi cục Bảo vệ Thực vật Nghệ An cho biết: "Hy vọng thông qua thực hiện đề tài nay, Chi cục sẽ tìm được nguyên nhân chính xác cũng như đưa ra biện pháp tối ưu nhất để phòng trừ bệnh cho cây cà phê".