Đáng chú ý có 77,8% HTX chiếm quy mô toàn xã, 22,2% quy mô liên thôn. Các HTX hoạt động ổn định và làm các khâu dịch vụ chủ yếu cho xã viên như: giống, phân bón, thủy lợi, BVTV, điện và dịch vụ khuyến nông. Năm 2008, doanh thu của các HTX đạt 11,173 tỷ đồng tăng 18,5% so với năm 2006, bình quân mỗi HTX có doanh thu 620,7 triệu đồng, tăng 94,7 triệu đồng so với năm 2006, đạt 98,3% so với mục tiêu đến năm 2010. Qua đánh giá phân loại số HTX xếp loại khá chiếm 61%, HTX trung bình chiếm 39%. Một số HTX có lãi khá như: Tiên Phú, Phú Lộc, Trung Giáp, Bảo Thanh, Liên Hoa, Hạ Giáp, TT Phong Châu...
Công tác quản lý lưới điện hạ áp của các HTX dịch vụ nông nghiệp- điện năng được chú trọng, việc quản lý điều hành của công nhân điện, phân phối điện, sửa chữa, nâng cấp đường dây đảm bảo an toàn giảm tổn thất điện năng từ 35% xuống còn 20-25%, đảm bảo giá điện sinh hoạt theo quy định, cơ bản đáp ứng nhu cầu dùng điện của nhân dân. Các HTX ngoài chức năng làm dịch vụ phục vụ sản xuất còn tổ chức triển khai hướng dẫn cho nhân dân thực hiện các chương trình, dự án phát triển kinh tế nông lâm nghiệp, thuỷ sản có kết quả như: Dự án phát triển cây chè, dự án thủy lợi, chương trình trồng cây nguyên liệu giấy, đồng thời xây dựng các mô hình trình diễn giống, cây, con có giá trị kinh tế cao nhằm tăng giá trị trên 1 đơn vị diện tích, tăng thu nhập, góp phần giải quyết việc làm trong nông thôn. Trong 2 năm 2007-2008 các xã trong vùng dự án đã trồng mới được 118 ha chè đạt 100% kế hoạch, đưa tổng diện tích chè của toàn huyện lên 906,4 ha; trồng mới 250 ha rừng kinh tế theo chương trình 661; mở rộng mô hình chuyển đổi cơ cấu giống lúa mới với diện tích 82 ha...
Ngoài ra các HTX còn phối hợp với khuyến nông cơ sở tổ chức các mô hình trình diễn như nuôi gà Ai Cập, nuôi ếch lồng, trồng đu đủ Đài Loan, trồng gấc nếp, nuôi tôm càng xanh kết hợp nuôi cá thâm canh... cho hiệu quả kinh tế cao. Để phục vụ sản xuất nông nghiệp đạt kết quả cao nhất, các HTX đều chú trọng tới công tác thủy lợi, hàng năm huy động xã viên đóng góp hàng nghìn công lao động nạo vét các tuyến kênh mương, cửa khẩu, các trạm bơm, chủ động đặt thêm các máy bơm dã chiến tưới, tiêu phục vụ sản xuất. Đồng thời đầu tư sửa chữa hoặc xây dựng mới nhiều công trình thuỷ lợi với tổng kinh phí thực hiện trong 2 năm lên trên 1,4 tỷ đồng, trong đó ngân sách huyện hỗ trợ 982 triệu đồng, còn lại là kinh phí của các xã.
Nhìn chung sau 2 năm thực hiện kế hoạch củng cố phát triển HTX, công tác chỉ đạo quản lý HTX theo luật HTX đã được các HTX thực hiện và từng bước đi vào nề nếp, đến nay 100% các HTX đã xây dựng điều lệ theo Nghị định 177 của Chính phủ, sau kiện toàn các HTX hoạt động ổn định. UBND các xã, thị trấn tạo điều kiện hỗ trợ cho các HTX xây dựng cơ sở hạ tầng nông nghiệp phục vụ sản xuất như hệ thống thủy lợi, trạm bơm, xây dựng đường điện, chỉ đạo triển khai thực hiện các chương trình dự án, các mô hình điểm, khuyến khích và tạo điều kiện cho HTX bố trí cán bộ đi tập huấn nghiệp vụ nâng cao trình độ, khuyến khích phát triển ngành nghề nông thôn để tăng thu nhập cho người lao động. Trách nhiệm của Ban quản trị HTX được nâng lên, 100% đội ngũ chủ nhiệm, kế toán, trưởng kiểm soát được tập huấn nghiệp vụ.
Mức thù lao bình quân của chủ nhiệm HTX đạt: 336.000 đồng/tháng, phó chủ nhiệm: 302.000 đồng/tháng, kế toán trưởng: 284.000 đồng/tháng, trưởng kiểm soát: 250.000 đồng/tháng. Đội ngũ công nhân điện được quan tâm bồi dưỡng nghiệp vụ và cấp thẻ an toàn điện. Việc thực hiện các khâu dịch vụ phục vụ sản xuất ổn định, đáp ứng cơ bản nhu cầu của nông dân, thực hiện các chương trình dự án có kết quả làm cơ sở để mở rộng cho những năm tiếp theo.
Nhận thức của xã viên về HTX có nhiều chuyển biến tích cực, tỷ lệ xã viên tham gia HTX đạt cao, nhiều HTX hoạt động có hiệu quả như: Liên Hoa, Trường Xuân, Phú Lộc, Bảo Thanh, Hạ Giáp... Công tác quản lý tài chính trong HTX thực hiện tuân thủ theo quy định của pháp luật, công tác kiểm soát thực hiện đúng chức năng kiểm tra, giám sát. Qua tổng hợp kết quả kiểm kê hàng năm cho thấy tổng tài sản của các HTX đến nay có 15,86 tỷ đồng, tăng 270 triệu đồng so với năm 2006. Trong đó tài sản cố định là 13,41 tỷ đồng(chiếm 85,5% tổng tài sản), tài sản lưu động là 2,27 tỷ đồng.
Tuy nhiên bên cạnh những kết quả đáng khích lệ đạt được sau kiện toàn, củng cố, các HTX trên địa bàn huyện Phù Ninh vẫn còn gặp nhiều khó khăn trong quá trình hoạt động như thiếu vốn lưu động để sản xuất kinh doanh nên việc tổ chức các khâu dịch vụ còn hạn chế. Các HTX mới dừng lại ở các khâu dịch vụ, chủ yếu chưa đẩy mạnh sản xuất kinh doanh tổng hợp nên lợi nhuận thu được thấp, việc đóng bảo hiểm xã hội cho cán bộ HTX và công nhân điện đạt tỷ lệ thấp, cơ sở hạ tầng sản xuất còn lạc hậu, việc huy động đóng góp tăng thêm của xã viên không thực hiện được, việc xử lý công nợ chậm được giải quyết. Tính đến nay số nợ phải thu của các HTX là 2,78 tỷ đồng, số nợ phải trả của các HTX là 2,805 tỷ đồng.
Đội ngũ cán bộ HTX tuy đã được bồi dưỡng nghiệp vụ nhưng năng lực quản lý điều hành còn nhiều hạn chế. Chính sách hỗ trợ kinh tế tập thể chưa kịp thời, mức kinh phí hỗ trợ chưa nhiều, vì vậy chưa khuyến khích được kinh tế tập thể phát triển. Thù lao của cán bộ làm việc trong các HTX còn thấp, việc đóng bảo hiểm cho cán bộ HTX còn hạn chế, chưa tạo được sự yên tâm của đội ngũ cán bộ làm việc trong các HTX nông nghiệp.
Để khắc phục những hạn chế này huyện Phù Ninh đang tiếp tục củng cố, phát triển, nâng cao chất lượng hiệu quả hoạt động của các HTX nông nghiệp cả về tổ chức và quy mô nhằm đẩy nhanh tiến trình CNH- HĐH nông nghiệp nông thôn. Đồng thời khuyến khích liên doanh liên kết giữa HTX với các thành phần kinh tế, khai thác tiềm năng, nội lực, tranh thủ nguồn vốn hỗ trợ của nhà nước và các tổ chức kinh tế để phát triển sản xuất.