Kết quả cho thấy: Ở huyện Sông Cầu tôm hùm chết là do vùng nuôi chưa được quy hoạch, nuôi mật độ quá dày, môi trường không được xử lý kịp thời nên ô nhiễm, dễ phát sinh bệnh. Khu vực Tuy An: ít xảy ra bệnh, chủ yếu bệnh đỏ thân, bệnh dính vỏ, tỉ lệ hao hụt thấp, không đáng kể do khu vực này nuôi ở bãi ngang và chỉ ương tôm giống, thời gian ngắn nên không chịu ảnh hưởng của thời tiết bất thường xảy ra. Khu vực Đông Hòa: ít xảy ra bệnh, chủ yếu là bệnh tôm sữa và đỏ thân, tỉ lệ hao hụt thấp do vùng này số hộ nuôi ít, môi trường nước trong sạch. Vùng Vũng Rô, bà con nuôi tôm hùm tập trung tại bãi Chính, bãi Ngà. Tại bãi Ngà, do gần cống nước thải khu dân cư nên tôm dễ bị bệnh. Hiện nay, UBND tỉnh Phú Yên đã quy hoạch Vũng Rô, người dân không được phép nuôi trồng thủy sản.

Trong những năm qua, tôm hùm là một trong những đối tượng thủy sản nuôi chủ lực của tỉnh, mang lại hiệu quả kinh tế cao cho ngư dân (thu nhập bình quân từ 30-90 triệu đồng/hộ/năm). Tuy nhiên, một trong những nguyên nhân dẫn đến bùng phát bệnh tôm là, lâu nay chưa có quy hoạch chi tiết các vùng nuôi tôm hùm, mật độ lồng, mật độ thả nuôi quá dày (5 – 6 con/m2), khoảng cách giữa các bè quá gần không đảm bảo trao đổi nước, trong khi đó qui trình nuôi vẫn thủ công là chính. Nguồn thức ăn chủ yếu là cá tạp, động vật nhuyễn thể tươi sống được mua từ các tỉnh Bình Thuận, Ninh Thuận, Khánh Hòa, Bình Định, Quảng Ngãi,... chưa được kiểm tra về mặt chất lượng nên có thể mang mầm bệnh cho tôm hùm. Các địa phương chưa quản lý được lực lượng khai thác, mua bán giống, do đó chưa kiểm soát được chất lượng nguồn giống và thức ăn. Công tác quản lý cộng đồng còn yếu kém, hầu hết các thôn xã chưa thành lập tổ tự quản hoặc có thành lập tổ nhưng hoạt động kém hiệu quả. Ý thức bảo vệ môi trường của các hộ nuôi còn nhiều hạn chế, hầu hết chất thải từ hoạt động nuôi tôm (kể cả xác tôm chết do nhiễm bệnh) đều xả thải trực tiếp ra môi trường nuôi. Nhà nước chưa có chính sách hỗ trợ trên các lĩnh vực: quản lý hành chính, hướng dẫn kỹ thuật, xúc tiến thương mại,… để phát triển ổn định nghề nuôi tôm hùm.

Chi cục BVNL thủy sản tỉnh kiến nghị: Cục Quản lý chất lượng, An toàn vệ sinh và Thú y thủy sản tăng cường chỉ đạo quản lý chất lượng con giống, thức ăn, môi trường nuôi trồng thủy sản và công tác phòng chống dịch bệnh; các viện, trường cần sớm nghiên cứu tìm nguyên nhân và cách phòng trị các bệnh của tôm hùm. Tỉnh Phú Yên sớm lập qui hoạch chi tiết mặt nước biển nuôi trồng thủy sản ở các vùng nuôi trong tỉnh, nhất là lập qui hoạch chi tiết các vùng nuôi tôm hùm tập trung, đồng thời chỉ đạo hướng dẫn các địa phương thành lập tổ tự quản nuôi tôm hùm, xây dựng và thực hiện quy chế, nội quy quản lý cộng đồng ở các vùng nuôi tôm hùm. Sở Thủy sản tỉnh cần tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra xử lý các vi phạm hành chính trong lĩnh vực thủy sản, đẩy mạnh công tác chuyển giao kỹ thuật nuôi tôm hùm đến các hộ dân. Nhà nước cần tiếp tục cho vay, khoanh nợ, giãn nợ và có chính sách hỗ trợ thiệt hại khi có dịch bệnh để người nuôi ổn định sản xuất; cần hoàn thiện hệ thống quản lý thú y thủy sản từ Trung ương đến cấp xã. Chính quyền địa phương cần phối hợp với cơ quan chức năng thực hiện tốt công tác quản lý chất lượng, an toàn vệ sinh và thú y thủy sản.