Tuy nhiên, năng suất cà phê của tỉnh còn thấp, do chưa tập trung đầu tư thâm canh, chăm sóc đúng quy trình kỹ thuật, tình hình sâu bệnh, dịch hại và sương muối, thu hoạch và chế biến còn chủ yếu là thủ công đã ảnh hưởng đến năng suất và chất lượng cà phê. Đặc biệt, sau khi Công ty cà phê cây ăn quả ngừng hoạt động, đến nay vẫn chưa có doanh nghiệp đủ năng lực đứng ra bao tiêu sản phẩm cũng như hỗ trợ về kỹ thuật cho nông dân. Việc thu hoạch, chế biến sản phẩm do các hộ nông dân tự làm hoặc thông qua các đại lý, do đó, sản phẩm cà phê Sơn La chủ yếu xuất thô./.