Trong quá trình tổ chức thực hiện, huyện đã tập trung vào những khâu then chốt như: thực hiện thành công việc “dồn điền đổi thửa” tạo cho mỗi hộ dân có mảnh ruộng lớn hơn để áp dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật vào sản xuất; chỉnh trang lại đồng ruộng từ hệ thống giao thông, thủy lợi, bờ vùng, bờ thửa để chủ động tưới tiêu và đưa cơ giới hóa vào sản xuất nông nghiệp; thực hiện xong quy hoạch lại vùng sản xuất, trên cơ sở đó thực hiện các chương trình, dự án phát triển cây con theo hướng áp dụng công nghệ cao.

Hiện, ở Yên Khánh đã thực hiện cơ giới hóa 100% trong khâu làm đất và 60-70% diện tích lúa khâu thu hoạch; chủ động tưới tiêu 70% diện tích canh tác, 70-75% diện tích lúa được cấy bằng giống chất lượng cao, 40% diện tích lúa được chuyển từ phương thức gieo cấy sang phương thức gieo xạ, góp phần làm giảm chi phí sản xuất từ 4-5 triệu đồng/ha; tăng năng suất cây trồng từ 5 - 10%. Bên cạnh đó, huyện đã tiến hành xây dựng gần 300 mô hình sản xuất có hiệu quả, hàng trăm trang trại, gia trại vừa và nhỏ trong lĩnh vực trồng trọt, chăn nuôi gia súc, gia cầm và nuôi trồng thủy sản. Hiệu quả các trang trại, gia trại đã khẳng định hiệu quả kinh tế cao gấp 4-5 lần việc trồng cây, con theo phương pháp truyền thống. Mô hình liên kết 4 nhà trong sản xuất nông nghiệp (nhà nước, nhà khoa học, doanh nghiệp và nhân dân) được huyện chú trọng, mang lại hiệu quả rõ nét như xây dựng thành công vùng sản xuất giống lúa thuần chất lượng cao 500ha, hằng năm cung cấp hàng nghìn tấn thóc giống chất lượng cao phục vụ cho sản xuất trong tỉnh và các tỉnh lân cận thuộc Đồng bằng Bắc bộ và khu vực miền Trung. Mô hình liên doanh, liên kết sản xuất lúa thương phẩm và các cây rau - củ - quả với các công ty, doanh nghiệp trong và ngoài tỉnh được duy trì hằng năm, qua đó, hàng nghìn tấn sản phẩm được thu mua tiêu thụ cho nông dân mang lại hiệu quả cao 1,2-1,3 lần/.