Quy trình bảo vệ lúa khép kín được tăng cường sử dụng nhiều thuốc bảo vệ thực vật (BVTV) theo kiểu "bao bọc phủ kín ruộng lúa bởi các loại thuốc BVTV để ngăn chặn" từ xa rầy nâu xâm nhập gây hại. Quy trình thực hiện từ khi làm đất, chuẩn bị xuống giống, gieo sạ, chăm sóc lúa đến khi sắp thu hoạch. Cụ thể: khi mới làm đất và chuẩn bị xuống giống, dùng các loại thuốc sát trùng dạng hạt rải xuống ruộng trước rồi mới gieo sạ lúa giống, lúa giống được ngâm hòa lẫn vào trong thuốc BVTV, đồng thời phun xịt thuốc BVTV khắp 4 bên chu vi bao quanh ruộng lúa ngay khi vừa mới xuống giống. Trong quá trình lúa sinh trưởng phải thường xuyên phun xịt thuốc BVTV...
Tuy sản xuất theo quy trình này tổng chi phí đầu tư, nhất là chi phí mua thuốc BVTV rất cao, bình quân đến trên 4 triệu đồng/ha, cao gấp 2 lần sản xuất phổ thông nhưng bù đắp lại, lúa cho năng suất cao nên hiệu quả kinh tế vẫn cao gần 2 lần.