Có các biện pháp xử lý ruồi đục quả như sau: Biên pháp hóa học, Biện pháp xử lý phóng xạ, biện pháp xử lý bằng nhiệt. Sau đây xin giới thiệu với bà con biện pháp phòng trừ ruồi đục quả bằng phương pháp hoá học: Biện pháp này dùng 2 loại: hoá chất trừ sâu và khử trùng xông hơi.

       * Đối với việc sử dụng hóa chất trừ sâu: người ta sử dụng Fenthion và Dimethoate để xử lý quả sau thu hoạch.  

        Tuy vậy, biện pháp xử lý thuốc trừ sâu dần dần tỏ ra không phù hợp và được thay thế bằng thuốc xông hơi vì các lý do sau:

            - Dễ bị thối quả: trên thực tế đã có nhiều trường hợp rau quả bị thối sau khi được xử lý bằng thuốc trừ sâu.

            - Dư lượng thuốc sau khi xử lý có khi cao hơn mức cho phép.

      *  Đối với việc khử trùng bằng phương pháp xông hơi: Hai hóa chất Ethylene dibromide và Methyl bromide đã được dùng làm hóa chất xông hơi xử lý quả diệt ruồi đục quả. Biện pháp dùng Ethylene dibromide rất hữu hiệu bởi tính độc của hóa chất xông hơi, với ưu điểm là dễ áp dụng, hiệu quả xử lý cao, thời gian thực hiện nhanh và ít khả năng làm hư chất lượng quả. Tuy nhiên, Bộ Y tế Hoa Kỳ, Úc đã phát hiện Ethylene dibromide có khả năng gây bệnh ung thư gan do để lại dự lượng độc hại, nên việc xử lý bằng Ethylene dibromide đã không được chấp nhận, Còn Methyl bromide thì lại có hạn chế là làm ảnh hưởng đến chất lượng quả. Ngoài ra, xu hướng tiêu dùng ngày nay của thị trường không ưa dùng thực phẩm có dư lượng hóa chất. Vì thế, phương pháp này cũng rất ít được sử dụng.