Cả cây hoa bóng nước được dùng trong y học cổ truyền với tên thuốc là phượng tiên hoa, thu hái khi chưa có hoa, lá còn xanh mởn chưa bị úa vàng. Dịch chiết từ lá bóng nước với thành phần hóa học chủ yếu là chất acid p-hydroxybenzoic đã được nghiên cứu dược lý thấy có tác dụng kháng khuẩn rất mạnh. Cả cây bóng nước dùng tươi, rửa sạch, giã nát với ít muối, đắp chữa sưng tấy, mụn nhọt, chín mé, vết thương. Dược liệu bóng nước phơi khô 15g phối hợp với vỏ ngũ gia bì 10g và rễ uy linh tiên 10g, thái nhỏ, sắc với 400ml nước còn 100ml, uống làm 2 lần trong ngày chữa phong thấp. Để chữa đau lưng, lấy cả cây bóng nước 10g, nhân hạt đào 15g, nho chua 10 quả, thái nhỏ, phơi khô, sắc uống trong 7 ngày liền.

Hoa bóng nước được thu hái lúc mới nở, dùng tươi hoặc phơi, sấy nhẹ cho khô. Dược liệu có vị ngọt, hơi đắng, tính ấm, không độc, có tác dụng hoạt huyết, giảm đau, tiêu tích, giải độc, chữa phong thấp, đau nửa người, tích máu sau khi đẻ, mụn nhọt với liều dùng hằng ngày là 12-20g hoa tươi hoặc 3-6g hoa phơi khô, dưới dạng nước sắc. Hoa bóng nước phơi khô, sắc uống chữa bế kinh ở phụ nữ.

Chất lawson và lawson methylether có trong hoa bóng nước có tác dụng kháng nấm rất mạnh.
Hạt bóng nước được dùng rất phổ biến với tên thuốc là cấp tính tử, được thu hái từ những quả già vào mùa hạ, rồi phơi khô. Dược liệu có hình tròn dẹt, hình trứng hoặc hơi có cạnh, mặt ngoài màu nâu hoặc xám, có những nốt trắng nhỏ, chất chắc; nhân hạt màu xám nhạt chứa 17-18% dầu, không mùi, vị nhạt, hơi đắng, tính ấm, có tác dụng làm tan máu ứ, thông kinh, giải độc.

Theo kinh nghiệm dân gian, hạt bóng nước 20g phối hợp với rễ cây bông cỏ 30g, thái nhỏ, phơi khô, sắc uống làm 2-3 lần trong ngày có tác dụng ngừa thai. Hạt bóng nước tẩm mật, phơi khô, tán nhỏ, rây bột mịn, trộn với hồ làm viên bằng hạt đỗ xanh, uống mỗi lần 8 viên với rượu để chữa ăn hay bị nghẹn, nhất là ở người cao tuổi. Để chữa hóc xương, lấy hạt hoặc rễ bóng nước nhai nhỏ, ngậm trong miệng gần chỗ xương bị mắc, hoặc thổi bột hạt vào họng, không được nuốt.

Chú ý: Phụ nữ có thai không được dùng hoa bóng nước.