Hiện các sản phẩm thủy sản chế biến đang chiếm 7 - 8% tổng sản lượng thủy sản của Inđônêxia, và có giá cao hơn các sản phẩm thủy sản thô, nhưng lại tạo ra nhiều việc làm cho người lao động địa phương hơn.

Bộ này dự kiến mỗi năm sẽ cung cấp 4 triệu tấn các sản phẩm thủy sản chế biến trong 12,73 triệu tấn tổng sản lượng. Năm 2008, khối lượng xuất khẩu các sản phẩm thủy sản chế biến của Inđônêxia tăng 4,89% lên 896.140 tấn so với 852.328 tấn năm 2007, tổng giá trị xuất khẩu cũng tăng 14%, từ 2,26 tỉ USD lên 2,57 tỉ USD.

Năm 2009, Bộ đề ra mục tiêu về giá trị xuất khẩu trung hạn là 2,8 tỉ USD, tăng 9%.

Do nhu cầu toàn cầu sụt giảm nên ngành thuỷ sản nước này dự định mở rộng xuất khẩu sang Trung Đông, Trung Âu và Đông Âu. Năm 2007, xuất khẩu của Inđônêxia sang Trung và Đông Âu đạt 12 triệu USD. Năm 2008, xuất khẩu sang Trung Đông đạt 40 triệu USD và dự kiến sẽ tăng 60 -70% trong năm nay.

Nghiên cứu thị trường của Bộ cho thấy có rất nhiều cơ hội đặc biệt để Inđônêxia mở rộng thị trường sang Ba Lan và các Tiểu Vương quốc Ả rập thống nhất (UAE). Tuy nhiên, các nhà nhập khẩu chính của Inđônêxia vẫn là Mỹ, EU và Nhật Bản, chiếm 70% xuất khẩu; các nước Đông Á chiếm 24%.

Chính phủ Inđônêxia sẽ thúc đẩy xuất khẩu bằng việc đa dạng hóa các sản phẩm, trong đó chủ yếu là tôm và cá ngừ. Năm 2008, xuất khẩu tôm đạt giá trị 1,2 tỉ USD, chiếm 1/2 tổng giá trị xuất khẩu. Ngoài ra, Bộ cũng sẽ thúc đẩy tiêu thụ thủy sản tại thị trường nội địa lên 30 kg/người/năm.