Nguyên nhân do kháng sinh đã diệt cả các loại vi khuẩn sống cộng sinh trong đường ruột (bình thường, những vi khuẩn này có một tỉ lệ khá hằng định trong ruột, giúp cho cơ thể tiêu hoá và hấp thu một số chất) gây nên sự mất cân bằng các loại vi khuẩn đường ruột dẫn đến rối loạn tiêu hoá.

Trong trường hợp bị rối loạn tiêu hoá, người bệnh vẫn có thể tiếp tục dùng thuốc kháng sinh kết hợp thêm với một số thuốc bổ sung các vi khuẩn hữu ích để giúp cân bằng lại hệ tiêu hoá, các triệu chứng rối loạn tiêu hoá sẽ giảm và khỏi. Trong trường hợp bị tiêu hoá nặng, dẫn đến rối loạn nước - điện giải hoặc nguy cơ mất nước thì bắt buộc phải dừng thuốc và thay bằng loại kháng sinh khác.