Kinh tế tập thể phát triển đã mang lại hiệu quả thiết thực, năm 2006, giá trị sản xuất nông lâm nghiệp đạt trên 79 tỷ đồng, tăng bình quân 7,5%/năm và tăng 21% so với mục tiêu chương trình đã đề ra. Tổng sản lượng lương thực có hạt là 13.737 tấn, bình quân lương thực 340kg/người/năm. Giá trị thu nhập trên 1ha đất màu đông, màu bãi, đất chuyên rau, đất 2 vụ lúa và đất vườn đạt và vượt chỉ tiêu 25 triệu đồng/ha trở lên. Diện tích chè 216ha tăng hơn 2 lần so với chỉ tiêu đề ra, sản lượng 1.372 tấn, cây ăn quả 300ha.

Chăn nuôi lợn ngoại xuất khẩu theo hướng công nghiệp tiếp tục phát triển với 17 trang trại quy mô từ 20 nái ngoại trở lên, tổng đàn nái là 587 con. Đẩy mạnh phát triển đàn bò sinh sản, bò thịt theo hướng sind hóa. Năm 2006 có 6.736 con bò và 39ha cỏ voi, mở hướng sản xuất mới có đầu tư và  hiệu quả kinh tế cao. Chăn nuôi gia cầm trên 207 ngàn con tăng gấp 3 lần so với năm 2002. Thực hiện quy hoạch phát triển thủy sản đến năm 2010, diện tích nuôi thả cá là 235ha, sản lượng 378 tấn các loại, kinh tế trang trại phát triển mạnh trong những năm gần đây cả về quy mô và chất lượng, toàn thị xã hiện có 22 trang trại.

Để kinh tế tập thể tiếp tục phát triển vững chắc, thị xã đã và đang quan tâm chỉ đạo tới việc củng cố và phát triển các HTX, hàng năm đều kiện toàn, củng cố các HTX tổ chức hoạt động kinh doanh dịch vụ sản xuất ổn định và có hiệu quả hơn. Năm 2006 tổng nguồn vốn các HTX có trên 8,7 tỷ đồng, trong đó tài sản cố định gần 5,4 tỷ đồng, tài sản lưu động trên 2,5 tỷ đồng. HTX Văn Lung là đơn vị hoạt động SX-KD-DV cơ bản có lãi cao nhất tiếp đến là HTX Xuân Vân (Hà Lộc). Tổng số xã viên của toàn thị xã là 13.814 người, bộ máy ban quản trị và ban kiểm soát đã được tinh giản gọn nhẹ, nâng cao chất lượng chỉ đạo điều hành.

Doanh thu năm 2006 đạt gần 3,9 tỷ đồng tăng 65%, lợi nhuận đạt 222 triệu đồng, tăng 3,6% so với năm 2002. Đồng thời thị xã cũng có những chính sách cơ chế cụ thể để phát triển kinh tế tập thể như chính sách đất đai, đẩy nhanh tiến độ dồn đổi ruộng đất, tạo lập vùng sản xuất tập trung, tạo điều kiện thuận lợi cho các dịch vụ phục vụ sản xuất đạt hiệu quả cao. Thông qua các chương trình khuyến nông, khuyến công, khuyến ngư tạo điều kiện giúp các HTX tổ chức chuyển giao các tiến bộ KHKT vào sản xuất và đào tạo tay nghề cho xã viên, hàng năm thị xã đều trợ giá giống cây trồng vật nuôi, nhân cấy nghề mới và thị trường tiêu thụ sản phẩm. Miễn giảm thuế cho các dịch vụ SX, KD, giảm nợ, xóa nợ theo chính sách cho các HTX gặp nhiều khó khăn, giúp các HTX vay vốn để đầu tư phát triển sản xuất.

Bên cạnh đó, việc xây dựng cơ sở hạ tầng giao thông nông thôn, thủy lợi được hỗ trợ theo các chương trình, dự án kiên cố hóa kênh mương và hỗ trợ từ nguồn công nghĩa vụ lao động công ích hàng năm với tổng kinh phí xây dựng trong 5 năm từ 2002- 2007 lên tới hàng chục tỷ đồng. Sự lãnh đạo của các cấp ủy Đảng, chính quyền và các tổ chức chính trị xã hội đối với kinh tế tập thể luôn được tăng cường, nhằm nâng cao nhận thức về vai trò vị trí của kinh tế tập thể, chỉ đạo thực hiện các chính sách hỗ trợ, khuyến khích phát triển kinh tế tập thể, hướng dẫn các HTX hoạt động theo đúng luật HTX và pháp luật hiện hành.

Tuy nhiên, phát triển kinh tế tập thể ở thị xã Phú Thọ cũng còn bộc lộ những hạn chế nhất định như việc chế biến tiêu thụ nông sản và tín dụng cho nông dân của các HTX NN chưa tổ chức được, thị trường tiêu thụ sản phẩm TTCN gặp nhiều khó khăn, sản phẩm chưa có tính cạnh tranh cao trên thị trường, cơ chế chính sách và biện pháp hỗ trợ phát triển HTX chưa đồng bộ, chậm được thực hiện.

Bên cạnh những nguyên nhân khách quan, có nhiều nguyên nhân chủ quan mà thị xã đang tập trung thực hiện nhiều biện pháp để giải quyết kịp thời, đó là làm tốt công tác thông tin tuyên truyền nhằm nâng cao nhận thức về vai trò của HTX trong phát triển KT-XH, huy động các nguồn lực để phát triển kinh tế tập thể, phấn đấu đến năm 2010, 50% số HTX đạt khá giỏi, tốc độ phát triển kinh tế bình quân 5 năm (2006-2010) tăng 4,1%, tổng giá trị dịch vụ cung ứng cho xã viên tăng 15,7%, thu hút thêm lao động, tăng năng suất và thu nhập cho xã viên đảm bảo tỷ xuất lợi nhuận trên đầu vốn, phát triển nhanh và mạnh kinh tế tập thể trên địa bàn thị xã Phú Thọ xây dựng thị xã xứng đáng là trung tâm kinh tế vùng của tỉnh nhà.