Hoa na thuộc loại “cái chín trước” nghĩa là nhụy cái chín trước và chỉ có thể thụ phấn được trong một thời gian ngắn. Khi nhụy cái thụ phấn được thì bao phấn của cùng hoa đó chưa nở, do đó không, hay rất ít khả năng phấn có thể thụ cho nhụy cái cùng hoa.

Hạt phấn na lớn nên không thể thụ phấn nhờ gió mà phải nhờ tới côn trùng môi giới mang phấn từ hoa khác tới. Đó là con bọ Nitidulid thuộc bộ cánh cứng, bọ cánh tơ, bọ xít, dán và ruồi. Côn trùng môi giới nhiều khi ít hoặc không có nên nhụy cái không được thụ phấn và bị rụng, nếu một phần nhụy cái được thụ phấn thì quả phức hợp có thể kết quả nhưng ít múi nên bé hoặc hình thù méo mó.

Để tăng cường thụ phấn cho na người ta thường nuôi thả con bọ thụ phấn vào vườn na hoặc thụ phấn nhân tạo bằng các dụng cụ thụ phấn như “súng”, ống thổi hoặc bút lông.

Chọn hoa để thụ phấn người ta thường chọn những hoa to mọc ở thân, cành chính phân bố đều trên cây. Hái bỏ tất cả các hoa nhỏ, những hoa phát triển không cân đối, những hoa ở ngoài chóp cành, cành nhỏ. Hoa để lấy phấn cũng chọn những hoa có 3 cánh trong đã nở tách rời nhau hoàn toàn, túi phấn của nhị đực đã chuyển sang màu đen, không lấy những hoa bao phấn chưa chín (màu trắng) hoặc bao phấn đã quá già màu đen sẫm. Nên hái vào lúc chiều mát, khoảng 4 - 5 giờ chiều.

Cho các hoa này vào túi nilon hoặc túi giấy đem về để nơi khô mát, qua đêm cho hoa nở hoàn toàn, bao phấn rời khỏi trục hoa. Bao phấn nứt và phấn màu kem rơi ra túi. Dùng kẹp bao phấn rũ vào cốc thủy tinh hay đĩa, rồi bỏ xác bao phấn cùng cuống, cánh, nhị hoa, đậy kín lại.

Thụ phấn thường tiến hành vào buổi sáng từ 8 - 10 giờ khi những hoa có 3 cánh trong đã nở, đầu nhụy đã chuyển sang màu trắng, có nhiều chất dính. Có thể dùng bút lông hay que bông chấm vào phấn rồi chấm vào đầu nhụy cái để cho phấn dính vào nhụy cái, chú ý phết đều để tránh quả bị lép do các nhụy cái không được thụ phấn hết.

Ở Chi Lăng, Lạng Sơn, người dân tự sáng chế ra dụng cụ thụ phấn cho na bằng một ống giấy cuộn tròn dài khoảng 20cm, đường kính khoảng 0,6 - 0,7cm. Trong ống giấy là một pitông bằng tre hoặc gỗ vót tròn vừa khít với đường kính trong của ống giấy. Kéo pitông xuống 1/2 hoặc 1/3 ống giấy để đổ hạt phấn vào đến đầy miệng ống. Khi thụ phấn người ta chỉ cần đưa đầu ống có phấn sát với nhụy và đẩy nhẹ pitông lên là phấn đã có thể dính vào đầu nhụy. Cứ làm liên tục hết hoa này đến hoa khác, đến khi hết phấn lại đổ tiếp phấn vào ống giấy.

Thời gian thụ phấn tốt nhất từ 8 - 10 giờ sáng, hoa nào nở trước thụ phấn trước, hoa nở sau tiếp tục thụ phấn các lần tiếp theo.