Nếu trứng bẩn phải tiến hành rửa bằng Foócmôn 0,9% hoặc thuốc sát trùng, có thể rửa trứng bằng máy hoặc rửa bằng tay, nếu rửa bằng tay phải lưu ý không cọ rửa quá mạnh tránh làm mất lớp vỏ bọc bên ngoài vỏ trứng. Nếu trứng không quá bẩn thì không cần rửa nhưng trước khi chuyển về kho bảo quản phải được xông, sát trùng bằng Foócmôn+ thuốc tím.

Về tỷ lệ, sử dụng 17,5g thuốc tím + 35ml Foócmôn cho 1m3 buồng xông, thời gian xông 15 phút. Sau đó nếu chưa đưa vào ấp ngay thì phải chuyển vào kho bảo quản. Trứng được xông sát trùng cho tỷ lệ nở cao hơn không xông sát trùng là 2 - 3%/phôi. Việc xông trứng phải đúng liều lượng và thời gian, nếu nồng độ hoặc thời gian không đủ thì chưa làm sạch được vi khuẩn và virút, ngược lại nếu nồng độ quá cao hoặc thời gian quá dài làm ảnh hưởng đến chất lượng trứng.

Trong quá trình ấp nếu có điều kiện tiến hành xông trứng 1 lần/tuần là tốt nhất, nhưng không được xông trứng trước 72 giờ ấp và khi trứng mổ vỏ. Nhà ấp trứng phải được xây dựng tách biệt khu nuôi và tách biệt khu ở, có tường bao quanh. Máy ấp và máy nở phải được đặt riêng biệt để đảm bảo công tác vệ sinh. Có hệ thống cung cấp nước và thoát nước nhanh, hệ thống thoát nước phải có hố ga, nước trước khi thải ra ngoài phải được xử lý, có hệ thống sát trùng cho người ra vào nhà ấp, có nơi xử lý các sản phẩm phụ của nhà ấp (vỏ trứng, trứng thối, gia cầm chết sau khi nở...).

Máy ấp sử dụng phương pháp ấp đơn kỳ thì sau mỗi đợt ấp là phải rửa sạch. Khi ấp đa kỳ tối đa có trứng của 4 lứa tuổi khác nhau. Máy nở và dụng cụ sau mỗi đợt nở xong phải rửa và sát trùng. Toàn bộ khu trạm ấp trong và ngoài thường xuyên phun sát trùng định kỳ 1 tuần/lần.