Là một tổ chức chính trị - xã hội mang tính đặc thù, Hội Nông dân Việt Nam còn thiếu nhiều cơ chế để trực tiếp thực hiện các chương trình, đề án, mục tiêu quốc gia. Vì vậy, trong những năm qua, Hội Nông dân Việt Nam đã chủ động xây dựng và ký kết Chương trình phối hợp hoạt động với nhiều Bộ, ngành, tổ chức, doanh nghiệp để tranh thủ nguồn lực tổ chức các phong trào nông dân và các hoạt động Hội.
Thực hiện công tác phối hợp với Sở Khoa học & Công nghệ tỉnh Hải Dương, ngµy 27/04/2012 Hội Nông dân tỉnh Hải Dương đã ký chương trình phối hợp với Sở KH&CN tỉnh giai đoạn 2012-2015, căn cứ vào chương trình phối hợp hai bên đã thống nhất xây dựng kế hoạch nội dung hoạt động cho từng năm. Đưa nội dung hoạt động khoa học công nghệ vào nội dung hoạt động của Hội, gắn phát triển kinh tế với xây dựng làng, xã văn hóa, gia đình văn hóa, kết hợp có công văn chỉ đạo các huyện (tp, tx) và cơ sở Hội góp phần thực hiện công nghiệp hóa, hiện đại hóa nông nghiệp nông thôn và xây dựng nông thôn mới.
Ngay từ đầu năm, Hội Nông dân tỉnh Bạc Liêu đã xây dựng chương trình phối hợp thực hiện các hoạt động giữa Hội với Sở Khoa học - Công nghệ tỉnh và căn cứ vào chương trình phối hợp hàng năm, trên cơ sở chương trình đã đề ra cùng tổ chức thực hiện.
Triển khai từ năm 2011-2013 thực hiện nhiệm vụ khoa học, dự án xây dựng mô hình phát triển nông nghiệp nông thôn của Hội Nông dân tỉnh Yên Bái có 04 mô hình là điểm để người dân tham quan học tập, trao đổi kinh nghiện và làm theo.
Thời gian qua, Trung ương Hội đã phối hợp với Bộ Khoa học và Công nghệ thường xuyên chỉ đạo, đôn đốc, kiểm tra Hội Nông dân và Sở Khoa học và Công nghệ các tỉnh, thành phố tổ chức ký kết chương trình phối hợp hoạt động cụ thể, thiết thực phù hợp với điều kiện thực tế của địa phương trên cơ sở nội dung của Chương trình phối hợp và hướng dẫn tổ chức thực hiện của hai ngành.
Thực hiện Chương trình “Chương trình hỗ trợ ứng dụng và chuyển giao tiến bộ khoahọc và công nghệ phục vụ phát triển kinh tế - xã hội nông thôn và miền núi giai đoạn 2011-2015” theo Quyết định số 1831/QĐ-TTg, từ năm 2011 - 2013, Bộ Khoa học và Công nghệ thông qua Chương trình nông thôn miền núi đã hỗ trợ các địa phương vùng Đông Nam Bộ và Đồng Bằng Sông Cửu Long triển khai và thực hiện 55 dự án (Trung ương quản lý 32 dự án, ủy quyền địa phương quản lý 23 dự án) với tổng kinh phí là 263.024 triệu đồng trong đó hỗ trợ từ ngân sách sự nghiệp khoa học và công nghệ là 108.985 triệu đồng. Các dự án đã triển khai được 167 mô hình.
Sau khi có hướng dẫn triển khai Chương trìnhký kết của Trung ương Hội với Bộ Khoa học & Công nghệ, Hội Nông dân tỉnh đã chủ động đặt vấn đề với Sở Khoa học & Công nghệ, xây dựng chương trình, thống nhất nội dung, tổ chức ký kết chương trình phối hợp giữa hai ngành. Hội Nông dân tỉnh giao cho Ban Kinh tế - xã hội; Sở Khoa học & Công nghệ giao cho Phòng quản lý Khoa học & Công nghệ tham mưu, xây dựng nội dung, kế hoạch và kinh phí hoạt động hằng năm.
Thực hiện chương trình phối hợp đã ký kết giữa hai ngành, hàng năm Ban Thường vụ Hội Nông dân tỉnh và các phòng chuyên môn của Sở Khoa học và Công nghệ xây dựng kế hoạch hoạt động và phối hợp tích cực nhằm đưa KHCN đến gần với hội viên, nông dân.
Sau những năm triển khai thực hiện hoạt động khoa học và công nghệ của Hội NDVN cho thấy, mặc dù còn nhiều bất cập nhưng đã thu được những kết quả bước đầu đáng khích lệ.
Trong năm 2013, Ban Chấp hành Hội Nông dân tỉnh đã ra nhiều văn bản chỉ đạo Hội Nông dân các huyện, thành phố bám sát nhiệm vụ chính trị ở địa phương, phối hợp các cấp, các ngành tích cực vận động nông dân ứng dụng các tiếnbộ KHKT vào sản xuất.