Đó là các chương trình: phòng trừ dịch hại thực vật theo hướng chuyển đổi cơ cấu cây trồng; kiểm dịch thực vật phục vụ xuất khẩu và hội nhập quốc tế; nâng cao năng lực quản lý nhà nước về bảo vệ thực vật; đẩy mạnh chuyển giao ứng dụng khoa học công nghệ vào công tác bảo vệ và kiểm dịch thực vật, áp dụng công nghệ sinh học phục vụ sản xuất theo hướng sản xuất nông nghiệp sạch, bền vững; tăng cường kiểm soát dư lượng thuốc bảo vệ thực vật, giám sát việc sản xuất, tiêu thụ một số loại nông sản phục vụ cho chương trình vệ sinh an toàn thực phẩm.