Một số bệnh thủy sản cũng gây thiệt hại cho việc nuôi tôm sú, tôm hùm, cá tra ở một số địa phương nuôi trồng thủy sản trọng điểm. Hiện trên cả nước, chỉ còn tỉnh Bến Tre có dịch cúm gia cầm; năm tỉnh: Phú Yên, Quảng Trị, Lào Cai, Phú Thọ, Trà Vinh có dịch lợn tai xanh chưa qua 21 ngày và không còn địa phương nào có dịch LMLM.

Mặc dù các ổ dịch đã được kiểm soát nhưng nguy cơ dịch tái phát ở bất cứ địa phương nào và bất cứ thời điểm nào là rất lớn do virus tồn tại, lưu hành trong môi trường đất, nước... Kết quả giám sát sự lưu hành virus cho thấy, có tới 1,68% đàn gia cầm có lưu hành virus H5N1; virus gây bệnh tai xanh, LMLM tồn tại trên gia súc đã khỏi về triệu chứng lâm sàng, tiếp tục bài thải, phát tán ở nhiều địa phương.

Bên cạnh đó, những tồn tại cơ bản của công tác thú y cũng là những nguyên nhân bùng phát dịch bệnh. Ðó là công tác tổ chức tiêm phòng các loại bệnh gia súc, gia cầm (theo quy định) ở nhiều địa phương chưa được quan tâm (thể hiện tỷ lệ tiêm  phòng vaccine thấp), công tác giám sát, phát hiện bệnh còn chậm, công tác kiểm dịch, kiểm soát vận chuyển gia súc, gia cầm trong nước cũng như qua biên giới gặp nhiều khó khăn; việc quy hoạch quản lý chăn nuôi gia súc, gia cầm triển khai chậm, chăn nuôi manh mún, nhỏ lẻ...

Ðặc biệt, lực lượng thú y cơ sở còn rất thiếu và yếu; ở một số nơi, chính quyền địa phương chủ quan lơ là, thiếu chủ động trong công tác phòng, chống dịch. Theo thống kê, đến nay cả nước có 58/63 tỉnh, thành phố có 8.367 Ban thú y xã, chiếm 83,34% trong tổng số 10.039 xã, phường.

Cùng với việc chỉ ra những tồn tại, bất cập trong việc triển khai các biện pháp phòng, chống dịch, các địa phương, một số công ty lớn cũng tổng kết những kinh nghiệm thực tế, bài học trong công tác phòng, chống dịch bệnh, về mô hình chăn nuôi an toàn sinh học để nhân rộng; từ đó thống nhất các giải pháp thú y cần thiết nhằm khống chế triệt để các loại dịch bệnh trên đàn gia súc, gia cầm, góp phần đạt mục tiêu tăng trưởng giá trị sản xuất chăn nuôi cả năm 2008 là 6 - 7%.