Tại Điều 2 của Thông tư này quy định rõ đối tượng miễn thuỷ lợi phí. Theo đó, từ ngày 26 tháng 5 năm 2013, miễn thuỷ lợi phí đối với toàn bộ diện tích đất nông nghiệp phục vụ nghiên cứu, sản xuất thử nghiệm, diện tích đất trồng cây hàng năm có ít nhất một vụ lúa trong năm; diện tích đất làm muối. Diện tích đất trồng cây hàng năm có ít nhất một vụ lúa trong năm bao gồm đất có quy hoạch, kế hoạch trồng ít nhất một vụ lúa trong năm hoặc diện tích đất có quy hoạch, kế hoạch trồng cây hàng năm nhưng thực tế có trồng ít nhất một vụ lúa trong năm.

Miễn thủy lợi phí đối với toàn bộ diện tích đất nông nghiệp được Nhà nước giao cho hộ nghèo. Việc xác định hộ nghèo được căn cứ vào chuẩn nghèo ban hành theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ.

Miễn thủy lợi phí đối với diện tích đất nông nghiệp trong hạn mức giao đất nông nghiệp cho các đối tượng sau đây: Hộ gia đình, cá nhân nông dân được Nhà nước giao hoặc công nhận đất để sản xuất nông nghiệp, bao gồm cả đất được thừa kế, cho tặng, nhận chuyển quyền sử dụng đất; Hộ gia đình, cá nhân là xã viên hợp tác xã sản xuất nông nghiệp đã nhận đất giao khoán ổn định của hợp tác xã, nông trường quốc doanh (hoặc các công ty nông nghiệp chuyển đổi từ nông trường quốc doanh) để sản xuất nông nghiệp theo quy định của pháp luật; Hộ gia đình, cá nhân là nông trường viên đã nhận đất giao khoán ổn định của nông trường quốc doanh để sản xuất nông nghiệp theo quy định của pháp luật; Hộ gia đình, cá nhân sản xuất nông nghiệp có quyền sử dụng đất nông nghiệp góp đất của mình để thành lập hợp tác xã sản xuất nông nghiệp theo quy định của Luật Hợp tác xã.

Các trường hợp không thuộc diện miễn thuỷ lợi phí phải nộp thuỷ lợi phí theo quy định tại Nghị định số 67/2012/NĐ-CP ngày 10/9/2012 của Chính phủ./.