Theo các doanh nghiệp thuộc Vinafruit, tại Khoản 2 (Điều 7) Nghị định số 158/2003/NĐ-CP quy định rau quả (sản phẩm từ trồng trọt) chưa qua chế biến hoặc chỉ sơ chế (làm sạch, ướp đông, phơi sấy khô, bóc vỏ) ở khâu kinh doanh thương mại chịu mức thuế suất là 5%; trong khi đó, Khoản 3 (Điều 7) Nghị định số 158/2003/NĐ-CP lại quy định sữa, bánh, kẹo, nước giải khát và các loại thực phẩm chế biến khác phải chịu mức thuế suất là 10%.

Với quy định này, vô hình trung Nhà nước lại khuyến khích tạo ra sản phẩm rau quả thô (chưa qua chế biến) thay vì khuyến khích làm ra sản phẩm rau quả có hàm lượng giá trị gia tăng cao thông qua việc chế biến nhằm đa dạng hóa sản phẩm. Trong khi khâu chế biến là một trong những giải pháp tăng cường năng lực thu mua và bảo quản sau thu hoạch đối với việc tiêu thụ sản phẩm trồng trọt có tính mùa vụ cho nông dân và nhà vườn.

Hơn nữa, so với các thực phẩm chế biến khác như nước ngọt sản xuất từ đường, hương liệu… thì rau quả chế biến cần phải được khuyến khích hơn, vì sản phẩm chế biến từ rau quả mang lại giá trị lợi ích thiết thực hơn cho sức khỏe cộng đồng và nhất là với bà con nông dân trồng ra các loại sản phẩm này.

Theo Luật Đầu tư, ở Khoản 2 Điều 27 có quy định “chế biến nông sản…” được xếp hạng ưu đãi đầu tư đứng thứ hai chỉ sau nhóm hàng “sản xuất vật liệu mới, năng lượng mới; sản xuất sản phẩm công nghệ cao, công nghệ sinh học, công nghệ thông tin; cơ khí chế tạo”. Với quy định này phải chăng có sự không đồng bộ trong việc triển khai?