Theo Viện Chính sách và Chiến lược phát triển nông nghiệp nông thôn - cơ sở phía nam, trong quý I-2009, sản lượng chế biến và kim ngạch xuất khẩu của các tỉnh xuất khẩu thủy sản như Cà Mau, Cần Thơ, An Giang, Vĩnh Long... đều giảm, các nhà máy chế biến chỉ hoạt động 35-40% công suất thiết kế. Hiện nay, do thiếu nguyên liệu nên giá nguyên liệu thủy sản tăng cao nhưng do không chuẩn bị đầu tư cùng với tác động từ rủi ro của các vụ trước còn quá lớn, nên nhiều nông dân vẫn chưa sẵn sàng tiếp tục sản xuất. Một trong những giải pháp nhằm phát triển bền vững ngành hàng thủy sản xuất khẩu ở ÐBSCL là tập trung rà soát, điều chỉnh quy hoạch phát triển nuôi trồng thủy sản, gắn sản xuất với yêu cầu của thị trường. Ðây là yêu cầu cấp thiết nhằm bảo đảm nguồn nguyên liệu thủy sản chế biến và tiêu dùng đạt mức hợp lý tránh tình trạng cung vượt cầu, khắc phục tình trạng khủng hoảng nguyên liệu. Người nuôi phải tổ chức lại sản xuất theo hướng quản lý cộng đồng thông qua việc thành lập các hợp tác xã cùng liên kết trong việc ứng dụng các quy trình nuôi tiên tiến (GAP, CoC...) để sản phẩm bảo đảm chất lượng cao và an toàn theo yêu cầu thị trường với giá thành hợp lý. Tại Vĩnh Long, ngành nông nghiệp đã thực hiện rà soát, điều chỉnh quy hoạch tổng thể phát triển thủy sản đến năm 2010 và định hướng đến năm 2020, trong đó chú trọng đối tượng cá tra nuôi ao.

Các tỉnh trong khu vực ÐBSCL có thế mạnh thủy sản cần gắn kết xây dựng cơ sở hạ tầng chế biến xuất khẩu thủy sản với tăng cường đào tạo và nâng cao chất lượng cán bộ quản lý và đội ngũ kỹ thuật, bảo đảm phát triển ngành thủy sản theo hướng CNH, HÐH, tận dụng các gói kích cầu của Chính phủ để đầu tư các dự án nâng cao năng lực sản xuất, tăng cường trang thiết bị chế biến thủy sản theo hướng hiện đại để thâm nhập các thị trường khó tính như Mỹ, Hàn Quốc, Nhật Bản.

Hiện nay, các doanh nghiệp chế biến thủy sản ÐBSCL tiếp tục đẩy mạnh việc khai thác thị trường mới như Nga, Ukraine, Ai Cập... đồng thời đa dạng sản phẩm hướng đến thị trường nội địa, chú trọng khâu quảng bá thương hiệu mặt hàng thủy sản đối với người tiêu dùng trong nước, nhằm mở rộng thị trường tiêu thụ.